Действие происходит через год после событий первого сезона. Поднятый Зеро бунт, получивший название «Черное восстание», был подавлен. Многие его участники захвачены, сам Зеро исчез и признан мертвым. Чтобы в будущем не допустить подобных беспорядков, к «одиннадцатым» стали применять исправительный режим правления. Лелуш Ламперуж ведет жизнь простого студента и, похоже, не помнит о своем прошлом. Кроме того, вместо сестры у него появился брат – Ролло Ламперуж. Остатки Ордена Черных Рыцарей проводят операцию, в ходе которой С.С. выходит на контакт с Лелушем и возвращает ему память. Позже выясняется, что его воспоминания были переписаны с помощью гиасса его отцом, британским императором, чтобы найти С.С., Наналли похищена, а Ролло является агентом, готовым в любой момент убить Лелуша. Несмотря на все эти обстоятельства, Лелуш вновь становится Зеро и продолжает борьбу с Британией, а впоследствии – и со всем миром.
